粪肥使用后要深翻，大量的粪肥集中在地表10~15厘米的土壤当中，虽然与土壤进行了混合，但粪肥仍然比较集中，即使已经腐熟的粪肥，在用量如此之大、翻耕深度较浅的情况下，也会影响根系生长。所以施用粪肥以后应进行深翻，一般翻耕深度要超过30厘米。

注意配合使用，粪肥中虽然含有的养分全面，但是总量达不到作物的吸收利用量，所以粪肥与化学肥料配合使用可以降低化学肥料残留对土壤造成的影响，同时***化学肥料中的养分能够及时被作物吸收利用。粪肥与生物菌肥配合使用可以加快粪肥的分解，加快土壤改良的速率。粪肥中的物质可促进生物菌的繁殖，巩固有益菌对根系产生的保护和促生效果。