抗燃油在运行中发生的污染既来自系统外部（蒸汽凝结、冷却器泄漏、通气口干燥剂漏出等），也来自内部（抗燃油的分解、泵和轴承等的腐蚀和磨损）。前面已指出，在起动前建立一个清洁的抗燃油系统特别重要。不过即使已达到了清洁状态，通过密封、通气口以及使用了不正确的或不干净的添加油所引起的外部污染还可能发生，应该加以防止。

另一方面，内部污染总会在系统中发生。这种污染包括水、金属微粒和抗燃油分解产物。金属微粒可能是由于齿轮、泵、轴承和阀的磨损。在湿的系统中还会产生锈的微粒。这些污染物必须用设计适当的过滤器和净化器加以清除。使用磷酸酯抗燃油时特别重要的是由水解生成的酸性污染。要***抗燃油有较长的寿命，通常让抗燃油在主油箱的一个旁路系统中通过颗粒吸收剂进行处理或净化。这些颗粒吸收剂可以除去酸性分解产物、小量矿物油、含氯的物质和一些水以及携带的固体微粒。由于这一净化步骤非常重要，在<抗燃油调整>一节中将详细加以说明。

尽管偶尔也会需要恢复抗燃油中添加剂（例如消泡剂）的含量，但在向抗燃油供应商和/或设备制造厂咨询之前不要采取行动。要把几种不同厂商供应的抗燃油进行混合时，也要遵从同样的原则。各种Reolube牌号的抗燃油是完全可以混合使用的，但在使用时一定不能和矿物油或含水的液体相混合。