化学合成类制药废水处理工艺相对复杂。常见的流程包括：“调节池-气浮沉淀-铁碳微电解-混凝沉淀-UASB厌氧反应-A/O-混凝沉淀”。在废水进行生化反应之前，通常需要进行预处理。预处理过程中会使用物理和化学方法，例如气浮、混凝沉淀、铁碳微电解等。调节池的设置主要用于调节水质、水量和pH值等参数。根据制药废水的实际情况，选择不同的预处理工序，其主要目的是降低废水中的悬浮物颗粒、盐度和部分COD，同时降低抑制微生物代谢的物质，以提高后期生化降解的可降解性。Fe-C微电解作为制药废水预处理的重要步骤，能够提高出水的可生化性。

气浮法是制药废水处理中常用的一种工艺步骤，包括充气气浮、溶气气浮、电解气浮和加压气浮等。其中，加压气浮由于溶气、停留时间短、处理等优点，在制药行业废水处理中得到了应用。

厌氧-好氧（A/O）、水解酸化-好氧等组合工艺在改善废水的可生化性、耐冲击性、降低投资和处理效果等方面表现出明显优于单一处理方法的性能，因此在工程实践中得到了应用。在制药废水处理过程中，混凝沉淀法也是一个相对重要的步骤。复杂的工艺会使用多次混凝沉淀，从而更有效地解决废水难题。影响混凝沉淀的主要因素包括反应条件和絮凝剂的选择。混凝沉淀能将废水中的污染物转化为不稳定状态，形成絮状物，从而有效降低制药废水的浊度和色度，并将微小物质凝聚成絮状体，沉降并分离出来。混凝沉淀技术已经发展成熟，并在制药废水处理中发挥着重要作用。